Если микроконтроллер работает как SPI хост, то ~SS становится обычным пином, никак не влияющим на передачу/прием данных по MOSI/MISO:
When the SPI is configured as a Master (MSTR in SPCR is set), the user can determine the direction of the SS pin.
If SS is configured as an output, the pin is a general output pin which does not affect the SPI system.