Можно, я свой именно так и делал, открываете проект в Arduino IDE последних версий,
В меню "Инструменты" выбираете "Процессор" ATmega328
В меню "Скетч" жмете "Экспорт бинарного файла"
Ищете в папке со скетчем HEX файл и шьете его любым удобным способом в атмегу328
Я, например, шью с помощью avrdude такой строчкой
avrdude -p atmega328p -c USBasp -U flash:w:ZX_FDD_Emulator.ino.standard.hex -U lfuse:w:0xcf:m -U hfuse:w:0xd7:m
можно зашить и на плате ардуино без программатора или зашить программатором на ней же, это уже как хотите.