При полном обьеме флеш памяти ATMega128 - 128 килобайт, половину этой памяти можно выделить для хранения некоторого "Системного ПО" и я думаю этого вполне хватит.Сообщение от SfS
Все остальное держать на внешней флешке любого доступного обьема.